Thèse Régulation Multi-Échelle des Gènes Soumis à Empreinte Lors de l'Acquisition d'Une Identité Neurale H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Clermont Auvergne
École doctorale : Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement
Laboratoire de recherche : Génétique, Reproduction et Développement UMR 1103 UMR 6293
Direction de la thèse : Philippe ARNAUD ORCID 0000000279378764
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-06-22T23:59:59

L'empreinte génomique est un processus épigénétique clé dans lequel environ 150 gènes de mammifères sont exprimés selon leur origine parentale. Ces gènes sont nécessaires à des processus biologiques clés, notamment la fonction cérébrale et le comportement. Au niveau moléculaire ils sont regroupés dans une vingtaine de domaines, chacun régulé par une courte région génomique nommée « Imprinting Control Région» (ICR) et l'action concertée d'autres régions cis-régulatrices, de modification d'histones et de la structuration 3D de la chromatine. Toutefois, les mécanismes qui coordonnent cette régulation multi-échelle et permettent à l'ICR d'instruire à distance l'expression mono-allélique des gènes du domaine restent mal connus. L'objectif de projet de thèse, est de caractériser la régulation fine des domaines d'empreinte au cours de l'acquisition d'une identité neurale. Une ressource allélique intégrative multi-échelle établie par l'équipe hôte sur un modèle d'organoïde cérébral (culture 3D) de souris permettra d'explorer comment les facteurs de transcription, les signatures chromatiniennes et la conformation 3D interagissent pour réguler l'expression soumise à empreinte au cours de l'engagement neural. Un modèle de régulation sera construit à partir de l'exploration de cette ressource et testé en utilisant une gamme d'approches moléculaires, cellulaires, d'imagerie et fonctionnelles.

Ce projet s'appuie sur l'utilisation d'une ressource allélique intégrative multi-échelle établie par l'équipe hôte sur un modèle d'organoïde cérébral (culture 3D) basé sur des cellules souches embryonnaires hybrides de souris, pour explorer comment les facteurs de transcription, les signatures chromatiniennes et la conformation 3D interagissent pour réguler l'expression soumise à empreinte au cours de l'engagement neural. Un modèle de régulation sera construit à partir de l'exploration de cette ressource et testé plus avant en utilisant une gamme d'approches moléculaires, cellulaires, d'imagerie cellulaire et fonctionnelles dans les cellules.

De par l'importance de l'empreinte dans le cerveau, notre projet vise précisément à caractériser les bases de la régulation multi-échelle des domaines soumis à empreinte lors de l'acquisition d'une identité neurale chez la souris.

Organoïde cérébral, différenciation des cellules ES, Omic liées aux analyses épigénétiques (HiC-capture, Cut&Run..), FISH, Edition du génome (CRISPR ), bioinformatique,

Profil:
- Titulaire d'un Master 2 en biologie
- être motivé/e par la thématique de la régulation épigénétique et s'impliquer dans la recherche et l'analyse bibliographique
- aimer travailler en équipe
- bonnes capacités à communiquer à l'oral et à l'écrit

Compétences
- Connaissances approfondies, même théoriques, en biologie moléculaire et épigénétique
- Connaissances générales en biologie cellulaire
-notions en édition du génome et traitement des données -omique serait un plus.
- Connaissance de la réglementation en matière d'hygiène et sécurité
- Langue: bon niveau en anglais lu, écrit, parlé