Thèse Étude de la Répression des Éléments Transposables dans les Tissus Somatiques Coopération Entre Polycomb et Interference Arn H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Clermont Auvergne École doctorale : Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement Laboratoire de recherche : Génétique, Reproduction et Développement UMR 1103 UMR 6293 Direction de la thèse : Abdou AKKOUCHE ORCID 0000000247812861 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-01T23:59:59 Les éléments transposables (ETs) représentent une fraction importante des génomes eucaryotes et constituent une source majeure d'instabilité génomique. Si leur répression dans la lignée germinale est relativement bien caractérisée, notamment via la voie des piRNAs, les mécanismes qui contrôlent leur expression dans les tissus somatiques restent encore mal compris. Chez Drosophila melanogaster, la voie des siRNAs endogènes contribue à la dégradation des ARN dérivés des ETs, mais seule une fraction de ces éléments semble être contrôlée de cette manière, suggérant l'existence de mécanismes complémentaires. Des analyses transcriptomiques préliminaires indiquent que la perturbation du complexe Polycomb PRC1 modifie l'expression de plusieurs ETs dans le disque imaginal de l'oeil, suggérant une interaction possible entre régulation chromatinienne et contrôle post-transcriptionnel. Ce projet vise à déterminer comment les complexes Polycomb (PRC1/PRC2) et la voie d'interférence ARN contribuent à la répression des ETs dans les tissus somatiques. Des approches génétiques chez la Drosophile seront combinées à des analyses transcriptomiques (RNA-seq), au séquençage de petits ARN et à des analyses de chromatine (CUT&Tag), puis validées par smFISH et imagerie confocale. Ce travail permettra de mieux comprendre comment la régulation chromatinienne et l'interférence ARN coopèrent pour préserver l'intégrité du génome dans les tissus somatiques.
Les éléments transposables (ETs) constituent une fraction importante des génomes eucaryotes et représentent une source majeure d'instabilité génomique en raison de leur capacité à se transcrire et à se mobiliser. Afin de limiter leur activité potentiellement mutagène, les organismes ont développé plusieurs mécanismes de répression, notamment des mécanismes épigénétiques tels que les modifications de la chromatine et les voies d'interférence ARN. Si la régulation des ETs dans la lignée germinale est relativement bien caractérisée, en particulier grâce à la voie des piRNAs, les mécanismes contrôlant leur expression dans les tissus somatiques restent encore largement méconnus. Des études chez Drosophila melanogaster suggèrent que la voie des siRNAs endogènes contribue à la répression d'un sous-ensemble d'ETs dans les tissus somatiques, mais l'existence d'autres mécanismes de contrôle est probable. Parmi les candidats potentiels figurent les complexes Polycomb (PRC1 et PRC2), connus pour leur rôle majeur dans la répression transcriptionnelle et la régulation de la chromatine au cours du développement. Comprendre comment ces différents mécanismes coopèrent pour contrôler l'expression des éléments transposables dans les tissus somatiques constitue un enjeu important pour mieux appréhender les processus de maintien de la stabilité du génome. dentifier les mécanismes responsables de la répression des éléments transposables dans les tissus somatiques et déterminer comment les complexes Polycomb et la voie des siRNAs endogènes coopèrent pour contrôler leur expression et préserver l'intégrité du génome.
Ce projet reposera sur l'utilisation du modèle génétique Drosophila melanogaster afin d'étudier les mécanismes impliqués dans la répression des éléments transposables dans les tissus somatiques. Des approches génétiques seront utilisées pour perturber les complexes Polycomb PRC1 et PRC2 par knock-down, seuls ou en combinaison avec l'inactivation de la voie des siRNAs endogènes.
L'impact de ces perturbations sur l'expression des éléments transposables sera analysé par transcriptomique (RNA-seq) ainsi que par séquençage de petits ARN afin de détecter la production éventuelle de siRNAs ciblant ces éléments. L'expression des éléments transposables sera également étudiée dans leur contexte tissulaire par hybridation in situ de type smRNA-FISH, suivie d'imagerie confocale.
En parallèle, des approches de génomique fonctionnelle, telles que CUT&Tag, permettront d'analyser l'organisation de la chromatine au niveau des insertions d'éléments transposables, notamment en étudiant les marques épigénétiques associées aux complexes Polycomb (H3K27me3 pour PRC2 et H2AK118ub1 pour PRC1).
Si vous voulez, je peux aussi vous proposer une version plus synthétique (5-6 lignes), souvent demandée dans les formulaires de projet doctoral.

Le candidat devra être titulaire d'un Master 2 en biologie, avec une spécialisation en génétique, biologie du développement, biologie moléculaire ou génomique.
Compétences scientifiques et techniques
Solides connaissances en génétique et en biologie moléculaire, une connaissance du modèle drosophile serait un plus.
Expérience (ou forte motivation à se former) sur des approches de séquençage à haut débit (RNA-seq, CUT&Tag) et d'analyse bioinformatique associée.