Thèse Interactions Procaryotes-Phages le Long de Gradients de Perturbation et d'Eutrophisation du Parasitisme au Mutualisme H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Clermont Auvergne École doctorale : Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement Laboratoire de recherche : Laboratoire Microorganismes : Génomes et Environnement Direction de la thèse : Sara BEIER ORCID 0000000337074487 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-10T23:59:59 L'eutrophisation et les perturbations sont des facteurs majeurs de la dynamique des communautés microbiennes [1], mais le rôle des interactions procaryotes-phages reste encore mal compris. Les phages influencent les communautés par (i) la lyse des cellules hôtes [2], (ii) la libération de matière organique issue des cellules lysées, et (iii) le transfert de gènes métaboliques auxiliaires (GMA) aux hôtes via les prophages, pouvant faire évoluer les interactions vers le mutualisme.
L'eutrophisation pourrait modifier l'équilibre entre infections lytiques et lysogéniques, affecter la diversité procaryote et influencer les réponses microbiennes aux perturbations. e plus, la prévalence relative des infections lytiques par rapport aux infections lysogéniques pourrait déterminer dans quelle mesure l'activité métabolique microbienne est influencée par les GMA, façonnant ainsi les réponses microbiennes aux changements environnementaux.
L'étudiant(e) sélectionné(e) étudiera ces variations le long de gradients d'eutrophisation et de perturbation à l'aide de mesures d'activité microbienne et virale, de techniques d'imagerie, ainsi que d'analyses métagénomiques et métatranscriptomiques.
Les communautés microbiennes aquatiques jouent un rôle central dans les cycles globaux des éléments, et comprendre leurs dynamiques compositionnelles et fonctionnelles est essentiel pour améliorer les modèles biogéochimiques à l'échelle globale dans un contexte de changement global. Les niveaux d'eutrophisation et les régimes de perturbation ont été identifiés comme des facteurs importants contrôlant la dynamique des communautés microbiennes, tandis que le rôle des interactions procaryotes-phages dans la structuration des communautés procaryotes sous différents scénarios d'eutrophisation et de perturbation reste encore peu compris. Les phages peuvent influencer la dynamique des communautés procaryotes par (i) des effets top-down via la lyse cellulaire, (ii) des effets bottom-up liés à la libération de matière organique labile provenant des cellules lysées, et (iii) le transfert de gènes métaboliques auxiliaires (AMGs) potentiellement bénéfiques aux hôtes procaryotes via les prophages.
L'objectif de ce projet de thèse est d'évaluer l'impact des interactions procaryotes-phages sur les dynamiques compositionnelles et fonctionnelles des communautés microbiennes aquatiques le long de gradients d'eutrophisation et de perturbation.

Compétences requises :
- Formation et intérêt pour l'écologie microbienne
- Compétences en scripting (par ex. R, Bash)
- Traitement statistique des données
- Capacité de synthèse et compétences rédactionnelles
- Bon sens de l'organisation, rigueur et autonomie
- Une expérience préalable sur les interactions procaryotes-phages est un atout