Thèse Transmission Verticale d'Escherichia Coli chez les Bovins Interactions Entre l'Hôte l'Environnement et le Microbiome H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Clermont Auvergne École doctorale : Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement Laboratoire de recherche : MEDIS - Microbiologie Environnement Digestif Santé Direction de la thèse : Panagiotis SAPOUNTZIS ORCID 0000000162863918 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-31T23:59:59 L'élevage bovin joue un rôle clé dans la sécurité alimentaire et l'économie, mais l'intensification des pratiques agricoles favorise
l'émergence de bactéries zoonotiques résistantes aux antimicrobiens. Parmi elles, Escherichia coli représente un enjeu majeur en
raison de son potentiel pathogène et de sa transmission entre générations. La compréhension des mécanismes de transmission
verticale de cette bactérie est essentielle pour développer des stratégies de prévention et limiter le recours aux antibiotiques.
Ce projet doctoral vise à caractériser le microbiome transmissible chez les bovins, en mettant l'accent sur E. coli et ses interactions
avec l'hôte et l'environnement. Il repose sur une approche intégrative combinant modélisation in silico des interactions bactériennes,
validation expérimentale par co-cultures et analyses de génomique fonctionnelle. L'identification des éléments clés de cette
transmission permettra d'évaluer le rôle du microbiome intestinal dans le contrôle des pathogènes et d'identifier des leviers pour une
gestion durable de la santé animale.
Les résultats attendus fourniront de nouvelles connaissances sur la transmission microbienne à travers les générations, avec des
implications directes pour la santé bovine et la sécurité sanitaire des aliments. Une meilleure compréhension de ces dynamiques
contribuera à réduire la dépendance aux antimicrobiens en élevage, soutenant ainsi les objectifs de santé publique et de durabilité des
systèmes de production. L'intensification de l'élevage a conduit à une augmentation des pathogènes zoonotiques et des bactéries résistantes aux antimicrobiens
posant un défi majeur pour la santé animale et humaine. Le microbiome intestinal bovin jour un rôle clé dans la régulation de ces
bactéries par exclusion compétitive, mais les mécanismes de transmission verticale et d'interactions microbiennes restent mal compris.
Ce projet vise à explorer ces dynamiques afin d'identifier des stratégies durables pour améliorer la santé du bétail et réduire la
dépendance aux antibiotiques en élevage

Techniques de biologie moléculaire : Maîtrise de la PCR, du séquençage et du clonage.
Microbiologie : Solide compréhension de la physiologie microbienne, de la pathogénèse et des interactions microbiennes.
Écologie et évolution : Connaissances de base dans ces domaines.
Bioinformatique : Expérience avec les outils d'analyse de données, notamment l'environnement Bash.
Conception expérimentale : Compétences en conception de co-cultures et d'expériences de génomique fonctionnelle.
Analyse statistique : Capacité à appliquer des méthodes statistiques pour interpréter les données expérimentales.

• PCR
• Clonage